Para facilitar o acesso de estudantes e de seus pais e/ou responsáveis legais e torná-lo mais seguro, é adotado o uso de crachá para identificação e liberação de entrada nas catracas eletrônicas. Os responsáveis pelos estudantes recebem, via aplicativo, os horários de entrada e saída de seus filhos nas catracas. Tal processo visa dar mais transparência às questões de segurança existentes no Farroupilha. O uso de crachá de identificação é indispensável. Emprestá-lo, pular ou passar por baixo da catraca consiste em violação do Código de Conduta e Convivência do Colégio Farroupilha.
Visando assegurar a proteção e o bem-estar dos estudantes e da comunidade escolar como um todo, o Colégio Farroupilha implantou diferentes medidas de prevenção e segurança, atualizando procedimentos e equipamentos de acordo com o que há de mais moderno disponível no mercado. A escola mantém um sistema de vigilância permanente, com câmeras 24 horas e catracas que possibilitam a entrada e saída somente através de cartões magnéticos. A identificação de todos aqueles que desejam acessar o Colégio Farroupilha é obrigatória.
O Colégio Farroupilha possui, na unidade Três Figueiras, um estacionamento com 340 vagas para a comunidade escolar. O controle de acesso se dá por meio de um sistema de cores e há dois portões de entrada e dois de saída, na Rua Carlos Huber e na Rua Alfa. O estacionamento conta ainda com um espaço espaço climatizado, com conexão wi-fi, tomadas, café, água, sanitário e poltronas para a espera pelos filhos ficar mais segura e agradável às famílias.
O Ambulatório, presente na instituição há mais de 30 anos, tem atuação ampla no que se refere à prevenção e promoção da saúde. A equipe é composta por enfermeira e técnicas de enfermagem. O Ambulatório só está autorizado a medicar os estudantes mediante envio, pela família, da receita médica, do medicamento e das orientações de uso.
O Colégio Farroupilha é coberto pela SOS Unimed. Em diferentes pontos da escola, a comunidade escolar encontra placas com o número de atendimento da Unimed (0800 7070 007). O contato só deve ser feito na ausência da equipe do Ambulatório e em casos de urgência e emergência.